Un alt caz cu noua variantă britanică a tulpinii SARS-CoV-2, B.1.1.7, a fost identificat la Suceava, în urma secvenţierilor efectuate la Universitatea „Ştefan cel Mare” (USV).
Varianta de coronavirus depistată iniţial în Marea Britanie, B.1.1.7, şi caracterizată printr-o transmisibilitate crescută, a fost identificată joi la Suceava în urma secvenţierilor efectuate la USV. Proba biologică a fiind recoltată la Spitalul Judeţean de Urgenţă (SJU) Suceava de la un pacient cu un istoric recent în Marea Britanie, potrivit Agerpres.
Tulpina secventiaţă aparţine unui lot de 20 de probe
Tulpina secventiaţă aparţine unui lot de 20 de probe ce au fost analizate în ultima săptămână în cadrul Laboratorului de Metagenomică şi Biologie Moleculară al USV. Probele au provenit de la Institutul Oncologic „Prof. Dr. Ion Chiricuţă” din Cluj-Napoca, Universitatea de Medicină şi Farmacie din Craiova şi SJU Suceava.
Potrivit sursei citate, în cazul probei menţionate anterior, s-a constatat că aceasta prezintă mutaţiile înregistrate la nivelul a patru proteine, respectiv ORF1ab, S, ORF8 şi N, mutaţii caracteristice noii tulpini SARS-CoV-2, denumită varianta B1.1.7, 20I/501Y.V1 sau VOC 20201/01. Adiţional, au fost înregistrate alte 11 mutaţii, distribuite în cadrul aceloraşi patru gene.
Dintre mutaţiile observate, o importanţă deosebită prezintă mutaţia N501Y a proteinei spike
Dintre mutaţiile observate, o importanţă deosebită prezintă mutaţia N501Y a proteinei spike (S) responsabilă de ataşarea de celulele gazdei potenţial infectate şi care, conform studiilor, conferă o mai mare transmisibilitate a virusului.
De asemenea, este prezentă mutaţia del69_70 HV, ce poate determina rezultate echivoce (sau chiar fals-negative) la anumite tipuri de teste de diagnostic PCR şi acest aspect poate conduce, indirect, la o rată mai mare de transmitere a virusului datorate liberei circulaţii a persoanelor infectate, dar cu răspuns fals-negativ la test.
Celelalte 19 probe neasociate tulpinii britanice vor fi analizate pentru a stabili prezenţa mutaţiilor caracteristice altor noi variante
În continuare, celelalte 19 probe neasociate tulpinii britanice vor fi analizate pentru a stabili prezenţa mutaţiilor caracteristice altor noi variante, precum cele identificate recent ca provenind din Africa de Sud şi Brazilia, variante ce se consideră a avea, de asemenea, un grad mai mare de transmisibilitate.
Totodată, vor fi analizate independent, din punctul de vedere al impactului epidemiologic pe care ar putea sa-l aibă, toate mutaţiile înregistrate în probele secvenţiate.
Secvenţele obţinute vor fi încărcate în bazele internaţionale de date
Secvenţele obţinute vor fi încărcate în bazele internaţionale de date, pentru a se stabili potenţialele rute de transmisie, precum şi legătura cu alte tulpini, la nivel mondial, încărcarea secvenţelor în astfel de baze de date permiţând cercetătorilor din întreaga lume evaluarea mai precisă a circulaţiei virusului pe glob şi monitorizarea acelor variante potenţial mai periculoase.
În principala bază internaţională de secvenţe SARS-CoV-2 sunt înregistrate 159 de secvenţe originare din România
În prezent, în principala bază internaţională de secvenţe SARS-CoV-2, GISAID www.gisaid.org, se află înregistrate 159 de secvenţe originare din România, care au satisfăcut standardele de calitate impuse pentru indexare, 62 de probe fiind secvenţiate la USV, alte 29 la Institutul Naţional de Boli Infecţioase „Prof. Dr. Matei Balş” din Bucureşti, 27 la Institutul Naţional de Cercetare Dezvoltare Medico-Militară „Cantacuzino” din Bucureşti şi una la Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare pentru Microtehnologie – Bucureşti, iar alte 40 de probe recoltate de la pacienţi din România au fost secvenţiate în laboratoare din străinătate.
La USV se pot secvenţia lunar aproximativ 500 de probe
La USV se pot secvenţia lunar aproximativ 500 de probe, în condiţiile în care sunt furnizate consumabilele necesare şi este asigurată dublarea personalului specializat al laboratorului, costurile consumabilelor necesare per probă pentru tehnologia de secvenţiere folosită situându-se sub 1.000 de lei.
Activitatea curentă de secvenţiere la USV este parţial finanţată de Ministerul Educaţiei şi Cercetării.
