Descoperirea originilor SARS-CoV-2, noul coronavirus care a ucis aproape 3,9 milioane de persoane la nivel mondial, a fost în mare parte îngreunată de lipsa de acces la informații din China, țara în care virusul a apărut pentru prima dată, scrie Live Science.
Însă acum un cercetător din Seattle a recuperat fișiere șterse din Google Cloud care conțin 13 secvențe genetice parțiale ale unora dintre cele mai timpurii cazuri de COVID-19 din Wuhan, potrivit unei investigații New York Times.
Secvențele nu favorizează vreuna dintre numeroasele teorii despre originea coronavirusului, nici cea privind o scăpare de laborator, nici cea privind o transmitere naturală de la animale, însă ele întăresc ideea că SARS-CoV-2 circula mult mai devreme decât primul focar major raportat la piața de fructe de mare din Wuhan.
Oamenii de știință au nevoie să găsească așa numitul „virus progenitor”
Descoperirea este importantă fiindcă oamenii de știință au nevoie să găsească așa numitul „virus progenitor”, cel din care au evoluat toate celelalte tulpini, pentru a putea stabili cu exactitate cum și unde a apărut SARS-CoV-2.
Până acum cele mai timpurii secvențe sunt cele provenite din mostre colectate de la piața de fructe de mare Huanan din Wuhan, despre care s-a crezut inițial că a fost locul unde a apărut coronavirusul la sfârșitul lunii decembrie din 2019.
Însă cazuri depistate ulterior la începutul lunii decembrie și chiar din noiembrie 2019 nu au nicio legătură cu piața, indicând că în cea mai incipientă fază a pandemiei virusul a apărut în alt loc.
Exista o problemă care le dădea bătăi de cap cercetătorilor în ceea ce privește acele prime secvențe genetice
În plus, exista o problemă care le dădea bătăi de cap cercetătorilor în ceea ce privește acele prime secvențe genetice. Cele obținute din cazurile depistate la piață includ 3 mutații care lipsesc din secvențele realizate de la pacienții depistați cu coronavirusul câteva săptămâni mai târziu în alte locuri.
Virusul căruia îi lipseau cele 3 mutații era mai apropiat de coronavirusurile depistate în rândul liliecilor. Oamenii de știință sunt relativ siguri că SARS-CoV-2 a fost transmis cumva de la lilieci deci este logic de presupus că virusului progenitor i-ar lipsi de asemenea mutațiile respective.
Acum, Jesse Bloom de la Institutul de Medicină Howard Hughes din Seattle a descoperit că secvențelor șterse – probabil unele din cele mai timpurii mostre – le lipsesc, de asemenea, acele mutații (Bloom este autorul principal al unei scrisori publicate în luna mai în reviste Science care îndeamnă la o investigație obiectivă privind originile coronavirusului).
„Sunt cu trei pași mai similare cu coronavirusurile găsite la lilieci decât cu virusurile din piața Huanan”, a declarat cercetătorul pentru New York Times, adăugând că noile date arată că SARS-CoV-2 circula în Wuhan cu mult înainte ca el să fie depistat în piața de fructe de mare.
„Secvențele de la piață nu sunt reprezentative pentru virusurile care circulau în Wuhan“
„Acest fapt sugerează că secvențele de la piață, pe care raportul genomic comun OMS-China se concentrează în principal…nu sunt reprezentative pentru virusurile care circulau în Wuhan la sfârșitul lunii decembrie 2019 și începutul lui ianuarie 2020”, a scris Bloom într-o lucrare urcată pe 22 iunie pe serverul de prepublicare bioRxiv.
Secvențe genetice obținute de la pacienți infectați cu coronavirusul au dispărut dintr-o bază de date online
În urmă cu un an 241 de secvențe genetice obținute de la pacienți infectați cu coronavirusul au dispărut dintr-o bază de date online numită Sequence Read Archive care este administrată de Institutul Național de Sănătate al SUA (NIH), potrivit investigației NY Times.
Bloom a observat secvențele lipsă când a dat peste un document excel dintr-un studiu publicat în mai 2020 în revista PeerJ în care autorii listează 241 de secvențe genetice ale SARS-CoV-2 secvențiate până la sfârșitul lui martie 2020; secvențele au făcut parte dintr-un proiect al Universității Wuhan numit PRJNA612766 și ar fi fost urcate în baza de date administrată de NIH.
Secvențele șterse au fost colectate de către Spitalul Renmin din al Universității Wuhan
Bloom a căutat în baza de date secvenețele și a primit mesajul „niciun obiect găsit”, conform relatării acestuia publicată în lucrate de pe bioRxiv care deocamdată nu a fost evaluată inter pares (peer-reviewed).
Cercetările sale suplimentare au descoperit că secvențele șterse au fost colectate de către Spitalul Renmin din al Universității Wuhan și o lucrare preliminară publicată pornind de la acele secvențe (referențiată ca „Wang și ceilalți 2020”) sugerează că acestea au fost obținute din mostre nazale luate de la persoane suspectate de COVID-19 la începutul pandemiei.
„Nu există nicio explicație științifică plauzibilă pentru acea ștergere“
Bloom nu a reușit să găsească nicio explicație legată de ștergerea secvențelor respective și emailurile pe care le-a trimis autorilor lucrării respective nu au primit răspuns.
„Nu există nicio explicație științifică plauzibilă pentru acea ștergere: secvențele sunt în concordanță perfectă cu mostrele descrise în ‘Wang și ceilalți (2020a,b)’”, a scris cercetătorul american în lucrarea publicată pe bioRxiv.
„Nu există corecții aduse lucrării, lucrarea afirmă că a fost obținut consimțământul subiecților umani și că secvențierea nu arată dovezi de contaminare a mostrelor”, a mai notat Bloom.
Prin urmare se pare că secvențele au fost șterse pentru ca existența lor să fie uitată.
Bloom notează și câteva limitări ale studiului său și anume că secvențele sunt doar parțiale și nu includ informații care să ofere o dată exactă a locului și datei la care au fost colectate.
